Tetrahydrothiophen ist wegen seiner Toxizität bekannt und fällt in die Kategorie der gefährlichen Chemikalien. Bei einer Lagertemperatur von mehr als 220 °C kann es sich in giftige Substanzen zersetzen.
Angesichts des beträchtlichen Unterschieds in der Löslichkeit zwischen geradkettigen Alkanen und aromatischen Verbindungen werden häufig aromatische Extraktionseinheiten als Extraktionsmittel eingesetzt. Solche Reagenzien werden auch im Laborbereich verwendet.