Etylenoksid er anerkjent som et bredspektret og svært effektivt gassformig desinfeksjonsmiddel, men Det utgjør en betydelig helseskade for mennesker, og har toksisitetsnivåer som overgår kloroform og karbontetraklorid.
I første omgang rammer den luftveiene og gir symptomer som kvalme, oppkast, diaré og smerter, i tillegg til at sentralnervesystemet undertrykkes. I alvorlige tilfeller kan det eskalere til luftveislidelser og lungeødem.