Az etilén-oxid elismert, széles spektrumú és rendkívül hatékony gáznemű fertőtlenítőszer, mégis jelentős mértékben károsítja az emberi egészséget, toxicitási szintje meghaladja a kloroform és a szén-tetraklorid toxicitási szintjét.
Kezdetben a légutakat veszi célba, és olyan tüneteket idéz elő, mint hányinger, hányás, hasmenés és fájdalom, valamint a központi idegrendszer elnyomása. Súlyos esetekben légzési nehézséggé és tüdőödémává fokozódhat.
