เอทิลีนออกไซด์ได้รับการยอมรับว่าเป็นสารฆ่าเชื้อที่มีประสิทธิภาพสูงและครอบคลุมหลายชนิดในรูปของก๊าซ, อย่างไรก็ตาม มันก่อให้เกิดอันตรายอย่างมีนัยสำคัญต่อสุขภาพของมนุษย์ โดยมีระดับความเป็นพิษสูงกว่าคลอโรฟอร์มและคาร์บอนเตตระคลอไรด์.
ในระยะแรก จะมุ่งเป้าไปที่ทางเดินหายใจ ทำให้เกิดอาการคลื่นไส้ อาเจียน ท้องเสีย และปวด ร่วมกับการกดระบบประสาทส่วนกลาง ในกรณีที่รุนแรง อาจลุกลามไปสู่ภาวะหายใจลำบากและน้ำท่วมปอด.
